Posebna zanimljivost NP biljne su zajednice pukotina strmih vapnenačkih stijena kanjona Krke i Čikole, među kojima je više rijetkih i/ili endemičnih biljaka.
Uzvodno od Roškog slapa rasprostranjena je zajednica modrog lasinja i finog zvončića (Moltkio-Campanuletum lepidae), u čijem sastavu je dalmatinski endem fini zvončić (Campanula lepida) i više ilirsko-jadranskih endema: piramidalni zvončić (Campanula pyramidalis), bjelušina (Inula verbascifolia), pravi buhač (Tanacetum cinerarifolium), ilirska perunika (Iris illyrica), visianijev mrazovac (Colchicum visianii), jadranska ljubica (Viola adriatica), izverugana gromotuljka (Alyssoides sinuata), obojena krabljica (Chaerophyllum coloratum) i vulfenova mlječika (Euphorbia wulfenii). U sastavu zajednice česte su i smeđa slezenica (Asplenium trichomanes), zlatnjak (Ceterach officinarum), razgranjena crkvina (Parietaria vulgaris) i sredozemna bršaka (Reichardia picroides). Na stijenama u kanjonu Čikole posebno se ističu buseni endemičnog modrog lasinja (Moltkea petraea).
U vlažnim i sjenovitim sedrenim polušpiljama na slapovima Krke zanimljiva je zajednica mahovina i gospinog vlaska (Eucladio-Adianthetum), u čijem se sastavu ljepotom ističe paprat gospin vlasak (Adiantum capillus-veneris).