Područje uz rijeku Krku obiluje različitim tipovima podzemnih staništa koja su prebivalište i/ili sklonište rijetkih i ugroženih životinja.
Popis podzemne faune beskralješnjaka do danas sadrži 175 svojti među kojima su brojni endemi, a i neke nove vrste za znanost. Neke svojte endemi su Hrvatske i Dinarida, a stigobiontni puževi (Dalmatella sketi i Lanzaia skradinensis), trloglobiontni lažištipavac roda Chthonius i troglofilni jednakonožni rak roda Calconiscellus endemi su Nacionalnog parka Krka. Izuzetni su nalazi endemskog slatkovodnog mnogočetinaša marifugije (Marifugia cavatica), pliocenskog relikta i endemskog vodozemca čovječje ribice (Proteus anguinus), prvi put otkrivene u NP 1989. godine. Sklonište u podzemlju nalazi i devet svojti šišmiša, od kojih je osam ugroženo i uvršteno u Crvenu knjigu sisavaca Hrvatske. Među njima najbrojnija je kolonija dugonogog šišmiša (Myotis capaccinii). Od ostalih svojti čest je i izuzetno zanimljiv najveći ravnokrilac u Hrvatskoj, endemični troglofilni dalmatinski špiljski konjic (Dolichopoda araneiformis).