Rijeka Krka krški je fenomen. U području izrazito siromašnom vodom, 72,5 km toka rijeke uistinu je čudo prirode. Dolinom rijeke Krke utjecaj mora prodire duboko u kopno pa znatno utječe na klimatske prilike u čitavom Nacionalnom parku.
Oznaka klime područja NP „Krka“ po Köppenovoj klasifikaciji jest Csa, što označava umjereno toplu sredozemnu kišnu klimu sa sušnim i vrućim razdobljem ljeti. Rijeka Krka teče od Knina do Šibenika pa se klimatske karakteristike analiziraju na temelju podataka klimatoloških postaja u tim dvama gradovima. S prosječno 2 647 sati godišnje sa sijanjem sunca u Šibeniku i 2 377 u Kninu, područje Nacionalnog parka „Krka“ spada u najsunčanija područja u Hrvatskoj.
Svih 109 km² Nacionalnog parka „Krka“ nalaze se u južnom dijelu sjeverne Dalmacije. Područje karakterizira izmjena četiriju izraženih godišnjih doba. Tmurno i oborinsko vrijeme zimi izmjenjuje se s lijepim i sunčanim ljeti. Srednja godišnja temperatura zraka u Kninu iznosi 13 °C, dva stupnja manje od one u Šibeniku, koja, zbog utjecaja mora, iznosi 15 °C. Srednja temperatura zraka u siječnju, najhladnijem mjesecu u godini, u Šibeniku iznosi oko 7 °C, a u Kninu oko 5 °C, dok je u najtoplijem mjesecu, srpnju, njezina vrijednost u Šibeniku 25 °C, a u Kninu 23 °C. Zbog utjecaja mora, koje se sporo hladi, jesen je toplija od proljeća. Mala je vjerojatnost vrlo niskih temperatura u Nacionalnom parku „Krka“.
Blizina mora i okruženje planina utječu na količinu oborina. Najviše je oborina tijekom jeseni i zime. Od listopada do prosinca padne trećina ukupne godišnje količine oborina pa je u to vrijeme rijeka najbogatija vodom. Najmanje oborina ima ljeti, pogotovo u srpnju. Snijeg je na ovom području vrlo rijetka pojava, osobito uz more, a kao iznenađenje ponekih godina može se očekivati u prosincu ili siječnju.
Osim u najsunčanije, područje Nacionalnog parka „Krka“ spada i u najvedrije dijelove Hrvatske. Jesen je manje sunčana od proljeća, a najmanje je sunca u prosincu i siječnju, kada su dani najkraći i kada je najviše oblaka. Godišnje se može očekivati nešto više od 100 vedrih i oko 90 oblačnih dana, ali ni u najtmurnijim zimskim mjesecima ne treba očekivati više od desetak oblačnih dana. Magla se također rijetko pojavljuje pa se može očekivati svega sedam do deset maglenih dana godišnje.
Uz dolinu rijeke Krke prevladavaju vjetrovi hladnog polugodišta: sjeveroistočnjak – bura i jugoistočnjak – jugo. Bura je izražena na cijelom području, a jugo samo u donjem toku rijeke Krke. Ljeti, za vedra vremena, razvija se blagi danji vjetar, maestral, iz zapadnog ili jugozapadnog smjera.
Najpovoljnije biometeorološke prilike prevladavaju od sredine svibnja do sredine lipnja, kada je čitavog dana ugodno. I rujan je pretežno ugodan, s toplim popodnevima, idealan za aktivni obilazak Nacionalnog parka.