Beskralješnjaci NP Krka relativno su slabo istraživani. Detaljnije su poznati kornjaši (Coleoptera), leptiri (Lepidoptera) i vretenca (Odonata).
Na širem području rijeke Krke dosada je utvrđeno 136 svojti kornjaša, oko 200 leptira i 38 vretenaca.
Među vretencima uz brzotekuće vode pažnju plijene modro obojeni mužjaci i smeđe ili zelene ženke modre i prugaste konjske smrti (Calopteryx virgo i C. splendens). Na ujezerenim dijelovima rijeke najčešće vrste su žutosmeđi vilin konjic (Libellula fulva) i vatreni strijelac (Crocothemis erythraea). U močvarama nalazimo kratkozubu vrbovu djevicu (Chalcolestes parvidens), što je trenutačno jedino potvrđeno nalazište ove svojte u Hrvatskoj, a uz lokve veliko carsko vretence (Anax imperator).
Od skupine danjih leptira do sada je zabilježeno četrdesetak svojti. Među njima ističu se zaštićene svojte obični lastin rep (Papilo machaon) i prugasto jedarce (Iphiclides podalirius) te kleopatrin žučak (Gonepteryx cleopatra), čija je populacija na području Skradinskog buka jedna od najvećih u Hrvatskoj. Iz porodice šarenaca (Nymphalidae) zanimljive su po svojim značajkama i rasprostranjenosti dvije svojte: Charaxes jasius, koji se ubraja među najveće europske leptire i stričkovac (Vanessa cardui), koji ne prezimljuje u Europi. U skupini noćnih leptira posebno je zanimljiv leptir sovica (Noctua haywardi), koji je u Hrvatskoj treći put pronađen na Skradinskom buku.
Prema raspoloživim podacima u rijeci Krki obitavaju 403 slatkovodna beskralješnjaka. Najbrojniji su Protozoa sa 117 i kukci (Ephemeroptera, Plecoptera, Odonata, Coleoptera, Trichoptera, Diptera, Hemiptera) sa 126 poznatih svojti, a najbolje su istražene skupine koljnjaka (Rotatoria), mekušaca (Mollusca), maločetinaša (Oligocheta) i rakova (Crustacea).