U rijeci Krki obitava 29 svojti riba, među kojima dominiraju ilirski klen (Leuciscus illyricus), drlja (Scardinius erythrophthalamus hesperidicus) i potočna pastrva (Salmo trutta m. fario).
Gornji tok rijeke Krke uzvodno od Roškog slapa područje je hladne i brze vode te u na njemu prevladavaju pastrve. U donjem toku nizvodno od Roškog slapa vode su jezerskog tipa i u njima prevladavaju šaranke. Deset svojti riba endemi su jadranskog slijeva: zlousta, glavatica, sval, drlja, svjetlica, oštrulj, mren, ilirski klen, visovački glavočić i dalmatinska gaovica. Bogatstvo endemičnih svojti posljedica je geološke prošlosti, što je rijeku Krku uvrstilo u prirodni spomenik najviše kategorije.
Trščaci, ujezereni dijelovi toka, zamočvarene livade i lokve obiluju vodozemcima, a kamenjari s oskudnom vegetacijom gmazovima. Do sada je zabilježeno 9 svojti vodozemaca (Amphibia) i 22 gmazova. Sve zabilježene svojte u Hrvatskoj su zaštićene, a u Crvenu knjigu vodozemaca i gmazova Hrvatske uvršteni su: u kategoriji ugrožene svojte glavata želva (Caretta caretta), rizične svojte čovječja ribica (Proteus anguinus), najveća podzemna životinja i endem Dinarida, koja obitava u četiri špilje unutar granica NP, vjerojatno ugrožene svojte mali vodenjak (Lissotriton vulgaris), koji se nalazi u lokvama sjevernog dijela NP, crvenkrpica (Zamenis situla ) i ribarica (Natrix tessellata) te potencijalno ugrožene svojte gatalinka (Hyla arborea), akrobat u svijetu vodozemaca, koja može visjeti jednom nogom obješena o granu stabla ili stajati okomito priljubljena uz list rogoza, primorska gušterica (Podarcis sicula), kopnena kornjača (Testudo hermanni) i barska kornjača (Emys orbicularis). Glavata želva samo povremeno zađe u bočate vode kod Skradina, dok su kopnena i barska kornjača rasprostranjeni na cijelom području NP. Primorska gušterica nalazi se na svim staništima od močvarnih livada do suhih kamenjara i najbrojnija je svojta guštera u NP, ribarica obitava u mirnim vodenim staništima, a crvenkrpica u šikarama i na kamenjarima. Jedina je otrovnica u Parku, opasna za čovjeka,poskok (Vipera ammodytes), a mogu se vidjeti i dvije poluotrovnice: zmajur (Malpolon monspessulanus) i pržac (Telescopus fallax), čiji je otrov opasan samo za gmazove, ptice i male sisavce.
Popis ptica NP Krka sadrži 218, od kojih 111 svojti u Hrvatskoj ima ugrožen status. U NP se gnijezdi 105 svojti, odmorište ili hranilište je 90 preletnica, a zimovalište 61 svojte, stoga područje Krke ima veliku međunarodnu važnost na putovima ptica selica. Na području NP-a boravi devet ugroženih vrsta čije lokalne populacije (gnijezdeće populacije sedam vrsta i zimujuće populacije dviju vrsta) čine više od 1% ukupne nacionalne populacije. To su: mali vranac (Phalacrocorax pygmaeus), bukavac (Botaurus stellaris), suri orao (Aquila chrysaetos), prugasti orao (Hieraaetus fasciatus), sivi sokol (Falco peregrinus), mali sokol (Falco columbarius), siva štijoka (Porzana parva), riđa štijoka (Porzana porzana) i velika ševa (Melanocorypha calandra). Ornitološki najzanimljivija područja u NP-u su: Skradinski buk s trščacima nizvodno i uzvodno od njega, ušće Čikole s jezerom Torkom, kanjonski dio Čikole, Visovačko jezero i Roški slap. Spomenuti lokaliteti najbolje pokazuju raznolikost i bogatstvo ptica s tipičnim predstavnicima ptica gnjezdarica, selica i zimovalica pojedinih tipova staništa. Na Roškom slapu, na malom prostoru, istovremeno se mogu promatrati ptice stijena i močvarne zajednice, a na Skradinskom buku uz močvarice mogu se vidjeti ptice šuma alepskog bora i submediteranskih kamenjara.
U NP Krka do sada je zabilježeno 46 svojti. U Crvenu knjigu sisavaca Hrvatske uvršteno je 14 svojti: u kategoriji regionalno izumrle svojte meheljev potkovnjak (Rhinolophus mehely), ugrožene svojte dugonogi šišmiš (Myotis capaccinii) i dugokrili pršnjak (Miniopterus schreibersii), rizične svojte južni potkovnjak (Rhinolophus euryale), blazijev potkovnjak (Rhinolophus blasii), velikouhi šišmiš (Myotis bechsteinii), vjerojatno ugrožene svojte vidra (Lutra lutra) te potencijalno ugrožene svojte veliki potkovnjak (Rhinolophus ferrumequinum), mali potkovnjak (Rhinolophus hipposideros), riđi šišmiš (Myotis emarginatus), veliki šišmiš (Myotis myotis), vjeverica (Sciurus vulgaris), vrtni puh (Eliomys quercinus) i vuk (Canis lupus). Na popisu ugroženih svojti u europskim razmjerima nalaze se četiri: veliki potkovnjak, vuk, vidra i divlja mačka (Felis sylvestris).
Životinjski svijet Nacionalnog parka Krka vrlo je bogat i raznolik s brojnim endemičnim, rijetkim i ugroženim svojtama, što rijeku Krku svrstava među najvrednije prirodne cjeline u Hrvatskoj i Europi.