Najduže špilje nalaze se u okruženju Miljacka slapa.
Od pet je poznatih izvor - špilja (Miljacka I., II., III., IV. i V.), najveća među njima, ujedno i najveća na području Nacionalnog parka Krka, Miljacka II., smještena na desnoj obali rijeke, stotinjak metara nizvodno od slapa.
Za vrijeme visokih voda kroz nju protječe podzemna rijeka za koju se smatra da je voda rijeke Zrmanje koja ponire u Mokrom Polju. Za vrijeme niskih voda u špilji se nalazi oko 200 m dugo jezero, nepoznate dubine, koje završava sifonom. Špilja je istražena u dužini od 1750 m. Na stropu, podu i bokovima špilje nalaze se brojni «vrtložni lonci» i erodirani stalagmiti, koji ukazuju na česte promjene razine vode. Špilje oko Miljacke izuzetna su podzemna staništa u kojima je do sada zabilježeno 36 podzemnih svojti, većina endema Dinarida i/ili Hrvatske. Špilja Miljacka II. stanište je endemskog vodozemca čovječje ribice (Proteus anguinus) i 8 svojti šišmiša. U ljetnom razdoblju u njoj obitava do 9000 šimiša, među kojima je najbrojnija svojta, s oko 7000 jedinki, dugonogi šišmiš (Myotis capaccinii).