Špilja pripada vrijednom dijelu hrvatske geobaštine
Ulaz u špilju Miljacka II nalazi se u samom kanjonu na desnoj obali rijeke Krke nizvodno od Miljacka slapa na nadmorskoj visini od 115 m. Formiran je u prominskim naslagama. To je najduži topografski snimljen speleološki objekt na području NP „Krka”. Istražen je u duljini od 3 365 m, ali se iz geoloških i geomorfoloških karakteristika terena da zaključiti da se glavni špiljski kanal nastavlja u istome smjeru pa postoji mogućnost da špilja bude dulja od pet kilometara.
Špilja Miljacka II veliki je izazov za speleološka i speleoronilačka istraživanja. Radi se o teško prohodnome speleološkom objektu, kojemu maksimalna dubina špilje iznosi 29 m, a maksimalna vertikalna razlika 50 m. Špilja ima karakterističnu ulaznu dvoranu velikih dimenzija s pregradom od kamenih blokova i granja na ulazu (koja je u prošlosti korištena za čuvanje ovaca). Glavni, ujedno i najdulji, kanal generalno se pruža u smjeru SZ-JI. Pored suhih kanala, špilju karakteriziraju povremeni sifon, veliko jezero i (zasad) šest jezerskih sifona. Treći sifon prvi je stalno aktivni sifon u špilji, međutim za vrijeme viših voda, 1. i 2. sifon također postaju aktivni pa je tada ronjenje iza njih gotovo nemoguće. U 6. sifonu istraženo je i topografski snimljeno 445 m, no on se nastavlja dalje.
Na temelju topografskog nacrta i prikupljenih speleomorfoloških podataka, špilja Miljacka II prema morfološkom tipu kategorizira se kao etažni i razgranati speleološki object. Prema genetskom tipu, spada u tektonsko-erozijske (poligenetske) speleološke objekte jer su u genezi nastanka tektonski pokreti i erozijsko i korozijsko djelovanje vode odigrali glavnu ulogu. Prema hidrološkim karakteristikama, Miljacka II objekt je sa stalnim vodenim tokom, u kojemu količina vode ovisi o hidrološkim prilikama na širem području. Špilja pripada vrijednom dijelu hrvatske geobaštine.
U ulaznom dijelu špilje Miljacka II prevladavaju konglomerati i laporoviti vapnenci, a završni kanal u potpunosti je oblikovan unutar laporovitih vapnenaca. Špilja je periodički jaki izvor. Za visokoga vodostaja špiljom teče podzemna rijeka. U špilji dominira erozijsko-korozijski stijenski reljef s klastičnim sedimentima odlaganim iz povremeno jakog vodenog toka ili tektonski raspucali blokovi urušeni sa stropova kanala. U bokovima kanala i na stropu uzduž špilje zamjećuju se dobro razvijeni erozijski oblici, vrtložni lonci i strujnice, koji govore o silini vode koja povremeno protječe kroz nju. Špilju krase kalcitni stalagmiti i stalaktiti izuzetne ljepote. Zbog čestog poplavljivanja, u stalagmite je uklopljen mulj pa su većinom smeđe boje. U ulaznom dijelu špilje mogu se vidjeti i crne rahle nakupine guana, šišmiševa izmeta, a na stropu iznad nakupina sjajna crna kora, vjerojatno fosfatni minerali nastali reakcijom šišmiševe mokraće s vapnencem.
Uslijed vanjskih vremenskih utjecaja, temperatura zraka u ulaznom dijelu objekta znatno varira i iznosi prosječno 13,9 °C, dok je na većoj udaljenosti od ulaza stabilnija, s prosječnom vrijednošću od 13,1 °C.
U špilji Miljacka II utvrđene su pedeset četiri svojte beskralježnjaka, koje spadaju u čak osamnaest viših sistematskih kategorija: grinje (Acari), pauke (Araneae), strige (Chilopoda), kornjaše (Coleoptera), skokune (Collembola), dvojenoge (Diplopoda), dvokrilce (Diptera), puževe (Gastropoda), jednakonožne rakove (Isopoda), rakušce (Amphipoda), desetonožne rakove (Decapoda), maločetinaše (Oligochaeta), lažipauke (Opiliones), opnokrilce (Hymenoptera), ravnokrilce (Orthoptera), lažištipavce (Pseudoscorpiones), grizlice (Psocoptera) i dvorepce (Diplura).
Među njima znatan je broj endemskih svojti Dinarida i Hrvatske. Za strigu špiljsku velekamenjarku Eupolybothrus cavernicolus, koja je stenoendem, NP „Krka” je tipski lokalitet. Špilju naseljava i čovječja ribica Proteus anguinus, endemski vodozemac Dinarida.
U špilji Miljacka II u dosadašnjim istraživanjima zabilježeno je devet vrsta šišmiša i uvrštena je na popis Međunarodno važnih podzemnih skloništa za šišmiše (UNEP/EUROBATS).
Fotografija: Vedran Jalžić